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Als Professor für Logik und Metaphysik (seit 1663), als Doktor der Theologie (seit 1678) und sechsmaliger Rektor der Universität Leipzig stand Valentin Alberti im Brennpunkt der geistigen und bildungspolitischen Auseinandersetzungen seiner Zeit. Den naturrechtlichen Theorien von Hugo Grotius, Samuel Pufendorf und Christian Thomasius stand Alberti, der seinerseits das „Recht der Natur aus dem Stande der Unschuld hergeleitet“ sah (Zedler), meistenteils ablehnend gegenüber. Dies belegt sein Briefwechsel u. a. mit Pufendorf und zahlreiche polemische Streitschriften. Auch im "Pietistenstreit" teilte Alberti die Position der orthodox-lutherisch dominierten theologischen Fakultät, die sich durch das Wirken der Leipziger Anhänger Speners und Franckes in ihren Rechten und ihrer geistlichen Autorität bedroht sah. Letztere rekrutierten sich vor allem aus Mitgliedern des Collegium philobiblicum, das während Albertis Rektorat 1686 gegründet und von ihm anfänglich entscheidend gefördert worden war.