Der ursprünglich für die Dominikanerkirche St. Paul um 1480 geschaffene Hochaltar ging 1543 zusammen mit dem Dominikanerkloster in das Eigentum der Universität Leipzig über. Spätestens zu Beginn des 19. Jh. wurde der Altar im Zusammenhang mit der Kirchenrenovierung nach der Völkerschlacht abgebrochen, das zugehörige Gehäuse ging verloren. Im Zusammenhang mit der gründerzeitlichen Kirchenumgestaltung durch Arwed Rossbach rekonstruierte man aus den Altarreliefs 1911/12 einen Schnitzaltar für den Hauptchor und aus den Tafelbildern 1914-17 einen Gemäldealtar für den nördlichen Seitenchor. 1968 vor der Sprengung der Paulinerkirche geborgen, wurde 1983 mit der Rekonstruktion und Restaurierung des Altares begonnen (Arne Hüthel und Institut für Denkmalpflege Dresden), um ihn in der Leipziger Thomaskirche zu präsentieren. Am 2. Advent 1984 strellte man den mit zunächst vier gemalten Tafeln verschlossenen Mittelschrein im Chor der Thomaskirche auf. Die Fertigstellung des Gesamtaltars mit seinen zwei Wandlungen erfolgte 1993, am 25. Jahrestag der Sprengung der Paulinerkirche wurde er neu geweiht. Die Rekonstruktion verzichtete auf die Einfügung der beiden - in jedem Fall nachträglichen - Predellentafeln aus der Zeit um 1510 (s. Inv.-Nrn. 1913:243 und 244), nutzte aber das Anfang des 20. Jahrhunderts gefertigte Gehäuse des Schnitzaltars. Im Oktober 2014 wurde der Altar in das noch nicht fertiggestellte Paulinum überführt, wo er seit Dezember 2017 im Rahmen der Universitätsgottesdienste wieder liturgisch genutzt wird. Das Kunstwerk ist im Rahmen von Besichtigungszeiten der Öffentlichkeit zugänglich.

Die einzelnen Bestandteile sind unter jeweils eigenen Inventarnummern recherchierbar (vgl. Inv.-Nr. 1875A/90, 1875B/90 etc.)

Die Restaurierung wurde gefördert durch die Deutsche Stiftung Denkmalschutz.